Кланнад: Продолжение истории

Летние каникулы позади, и в школе Томои начинается второй семестр. Отец Нагисы, Акио, просит его собрать бейсбольную команду для матча против торгового квартала, и Томоя зазывает друзей из драмкружка и не только. Дружеская игра неожиданно выходит жаркой.

Мэй переживает за старшего брата: школа позади, а планов на будущее у Ёхэя всё нет, и она пока перебирается пожить к Нагисе. С лёгкой руки самого Ёхэя у Томои рождается идея — найти девушку, которая притворится его подружкой, чтобы Мэй успокоилась. Вот только подходящей кандидатки всё никак не сыскать.

На прогулке компания видит, как старший брат бросается защищать сестрёнку от обидчиков, и Мэй вспоминает, каким раньше был Ёхэй — пока не ушёл с головой в футбол. Друзья решают расшевелить в нём былую заботу о сестре, но задуманное идёт совсем не так, как хотелось.

Ёхэй совсем забросил учёбу, и друзья вместе с Мэй идут в футбольный клуб, надеясь вернуть его в команду. Но Мэй встречают недобро, и дело быстро доходит до стычки, за которой наружу вырывается то, что Ёхэй давно держал в себе.

Задремав в гостях у Мисаэ, Томоя переносится в её школьные годы. Тогда к ней явился странный юноша по имени Кацуки Сима, обещавший исполнить одно желание в благодарность за давнюю доброту. Вот только сердце Мисаэ занято другим — Игараси, у которого, как выясняется, уже есть девушка.

Оправившись от первой любви, Мисаэ всё больше времени проводит с Кацуки — и незаметно привязывается к нему. Но однажды о самом Кацуки открывается правда, которая переворачивает всё, что она о нём думала.

Томоя с друзьями узнают, что тихоню Юкинэ уважают обе враждующие городские банды — она выхаживает раненых с обеих сторон. А тут ещё мальчишка по имени Ю приходит искать пропавшую сестру, и компания оказывается втянута в дела куда серьёзнее, чем казалось поначалу.

Вражда двух банд вот-вот выльется в большую драку, а там и полиция вмешается. Чтобы этого не допустить, Юкинэ с Томоей пытаются отговорить противников от побоища — но всё сводится к одному решающему поединку.

Выпускной всё ближе, и друзья делятся планами на будущее: кто в воспитатели, кто в медучилище, кто мечтает уехать за океан. Один Томоя всё никак не решит, чего хочет. А тут болезнь Нагисы снова даёт о себе знать, не пуская её ни в школу, ни на экзамены.

После выпуска Томоя хочет встать на ноги и берётся за работу — сперва в пекарне, потом электриком у Юсукэ Ёсино. Нагиса же начинает новый учебный год, но друзей почти нет, а попытка возродить театральный кружок проваливается. Первый же рабочий день выматывает Томою до предела.

Работа идёт с переменным успехом: Томоя скрывает от начальника больное плечо, боясь потерять место. Он обещает Нагисе прийти к ней на школьный фестиваль, но дел всё больше, и сохранять тёплые отношения становится всё труднее.

Юсукэ рассказывает Томое о своём прошлом и о том, как встретил Коко. Тем временем Томое предлагают место управляющего в новой фирме — но сделка срывается, когда его отца внезапно арестовывают, и давняя обида на родителя вспыхивает с новой силой.

Чтобы получить благословение на брак с Нагисой, Томоя должен сперва выбить достойный удар в бейсбольном поединке с её отцом — и упрямо тренируется, пока не добьётся своего. А впереди у Нагисы, пропустившей из-за болезни немало занятий, свой долгожданный выпускной.

Томоя и Нагиса теперь женаты и живут вместе. Нагиса устраивается в семейный ресторанчик к Нисине, а снос старого школьного здания, где когда-то ютился драмкружок, выбивает Томою из колеи — перемены в родном городе даются ему тяжело. А у Санаэ для них припасена новость, которая всё меняет.

Беременность даётся Нагисе тяжело — она почти не встаёт с постели. Санаэ приводит повитуху Яги и осторожно предупреждает: при слабом здоровье Нагисы роды опасны. Но решение остаётся за самой Нагисой и Томоей, и супруги идут к реке, чтобы выбрать имя будущему ребёнку.

Приходит зима, и на последних месяцах Нагисе снова становится хуже. В снежный день схватки начинаются на две недели раньше срока, а довезти её до больницы уже не успеть — рожать приходится дома. Семья замирает в ожидании, и каждая минута даётся с боем.

Прошло пять лет. Усио растёт у бабушки с дедушкой, а Томоя живёт сам по себе, заливая дни работой, куревом и выпивкой. Санаэ уговаривает его съездить с семьёй отдохнуть — но в день поездки они с Акио исчезают, оставив Томою и дочь наедине друг с другом.

В поездке Томоя покупает дочке игрушечного робота, и вдвоём они забредают в цветочное поле. Усио заигрывается, но робот теряется в траве, и все поиски напрасны. А сам Томоя, что-то вспомнив, набредает на свою бабушку — Сино Окадзаки, мать его отца.

Вернувшись из поездки, Томоя с Усио начинают жить вместе в его квартире. Позже они встречаются с Коко, чья сестра Фуко наконец выписалась из больницы, а затем Томоя навещает отца и уговаривает того перебраться в деревню к бабушке. Отношения отца и дочери понемногу теплеют.

Приведя Усио в школу, Томоя с удивлением узнаёт в её учительнице Кё Фудзибаяси. Дни идут своим чередом: с Усио играет Фуко, приближается школьный спортивный праздник, на который дочь зовёт и отца. Но накануне всё омрачает внезапный жар у Усио.

Жар у Усио никак не спадает, и Томоя остаётся дома, чтобы выхаживать дочь. Девочка всё просит съездить в новое путешествие, как в прошлый раз, и отец обещает — как только ей станет лучше. Но зима приходит, болезнь не отступает, а силы начинают оставлять и самого Томою.

В Призрачном мире девочка и её робот подходят к концу своего долгого пути, и всё, что их окружало, начинает меняться. Нити этой истории неожиданно сплетаются с судьбой самого Томои, подводя его долгое странствие к развязке.

За год до начала всей истории Томоя идёт во второй класс старшей школы, а Нагиса впервые остаётся на третьем году. Подруг у неё по-прежнему нет, а Томоя с Ёхэем знай себе хулиганят и устраивают розыгрыши. Одна из их проделок неожиданно оборачивается для Нагисы новым знакомством.

Серия-обобщение: Томоя заново пересказывает всё, что было с той поры, как он впервые встретил Нагису.