Команда учёных-ниндзя Гатчамен II

Загадочный объект таранит роскошный лайнер, и с тонущего корабля похищают ребёнка с особыми хромосомами. Галактор за считанные дни выращивает из него нового вождя — Гель Садру, а доктор Намбу вновь поднимает команду Гатчамен и отправляет её к древним руинам, не подозревая, что там расставлена ловушка.

После гибели Гетца команда преследует ускользающую тень, до боли похожую на Джо, — неужели он жив? След ведёт к тайной базе Галактора, укрытой в развалинах храма, где враг готовит запуск ракеты.

Голос, неотличимый от голоса Джо, передаёт команде планы Галактора: отряд рыцарей в чёрной броне ворует по городам ядерную энергию, чтобы разрушить Сан-Франжелес. Гатчамены отправляются к развалинам островной тюрьмы, где враг достраивает подводную базу.

Под пустыней Галактор спешно строит базу, и авария вызывает разрушительное землетрясение, грозящее двум городам. Спасти их можно, только нырнув под пески на «Атакующем Кондоре», но пилота G-2 нет — пока перед командой наконец не появляется живой Джо.

В джунглях Галактор особой жидкостью превращает жителей деревни в неандертальцев и натравливает их на соседнюю страну. Среди преображённых — отец мальчика Широ, случайно знакомого команде, а враг замышляет через водохранилища обратить в дикарей всё человечество.

К югу от острова без всякой причины гибнут корабли и самолёты, и команда подозревает опытный город Египет, где собирают неуправляемую энергию пирамид. Дзинпей в одиночку едет на разведку и знакомится с дочерью доктора Сугаты, тайно призвавшего на помощь Галактор.

Владыка Икс создаёт искусственное космическое растение Редда, и случайно найденное мальчиком семя стремительно разрастается и нападает на Дзинпея. Когда Галактор рассеивает семена над городом, обращая его в джунгли, команда ищет у растения слабое место.

Тёмный спутник Галактора один за другим похищает и уничтожает орбитальные станции, расчищая путь для удара лучевой пушкой с базы на обратной стороне Луны. Джун и Дзинпей отправляются на разведку, но мальчик попадает в руки врага.

Гель Садра готовит суперракету «Морской тигр», от которой якобы не спастись, а Владыка Икс, устав от неудач, попрекает её высокомерием и вспоминает, как на том же погорел прежний вождь — Берг Кацэ. У полярной базы врага Бог-Феникс попадает в магнитный луч ракеты.

Острова южных морей внезапно накрывает лютый холод: Галактор через магнитное поле Земли обрушивает на них снег и стужу. Рю в одиночку уходит на разведку, но течение выбрасывает его на безлюдный остров к старику, разводящему акул, который знает о вражеской базе на рифе.

Владыка Икс ищет новый элемент Гиперний-600, вшестеро сильнее прежнего, и вслепую громит своими механическими воронами города вокруг тайного ангара научной организации. Девушка Джулия подвозит Кена и Дзинпея, но в порту их атакуют и её тяжело ранят, а её брату-охраннику предстоит страшный выбор.

По всему миру НЛО атакуют обсерватории, а специалистов космической связи одного за другим убивают. Спеша защитить очередного учёного, команда узнаёт, что связь держится на изобретённой доктором Рафаэлем «волне-скачке», — и при звуке этого имени Джо внезапно исчезает.

Джо в одиночку проникает на базу Галактора в поисках Владыки Икс, и там перед ним появляется загадочная девушка Кэти, направляющая его к вулкану Везувий. Внутри вулкана Икс замышляет обрушить в город потоки магмы, а Намбу, некогда строивший этот город, спешит подготовить ответный удар.

Над всей Землёй кружит загадочный НЛО, а пропавшие полгода назад пассажиры самолётов возвращаются без памяти. Из корабля выходит считавшийся погибшим майор Борг и сообщает Кену, что его самопожертвовавшийся отец, Кентаро Васио, жив на борту, — вот только за этим приглашением кроется ловушка.

В рыбацкой деревне взрывается крылатая ракета Галактора, а жители исчезают. Рю едет на разведку и спасает девушку Юку, которую односельчане подозревают в поджоге; Юка с первого взгляда влюбляется в холодного к ней Кена, а сам простодушный Рю — в неё.

Перебежчик из Галактора добывает секретный микрофайл, и Джо везёт его на расшифровку в научный институт, не зная, что к файлу прикреплён передатчик. Враг выходит на след, а посреди погони Джо накрывает жестокая головная боль, поднимающая из памяти его прошлое.

Плавучий опытный город Ситоланд атакует чудовище Галактора, и команду поднимают по тревоге, но заведующий, доктор Сиски, отказывается сотрудничать: его дочь Милли взята в заложники. Джун случайно узнаёт, что пленница — её подруга детства, и до поры скрывает это от товарищей.

Пока Джун чинит космический корабль, приставивший к Дзинпею оружие робот случайно запускает двигатели, — и «робот» оказывается девушкой Сатико, ищущей отца на далёкой исследовательской станции. Но на станции пусто, а вместо учёного их поджидает Галактор, охотящийся за данными об энергии мантии.

В нагорье Осия то и дело обрывается связь, а странно ведущий себя в последнее время Джо исчезает на том же месте, обронив слова «спиральная галактика». Команда идёт на разведку и попадает внутрь новой машины Владыки Икс, которая выбрасывает их в иное измерение с отсчётом до гибели.

Остров у берегов Ризото уходит под воду из-за странных подвижек земной коры, и отправившаяся на разведку Джун попадает в ловушку шпионки Галактора. Приняв облик самой Джун, лазутчица проникает в Джи-Таун и ведёт базу прямо к подводной западне врага.

Кен навещает потерянного из виду друга Карла III, наследника мировой промышленной империи, чтобы проверить слух, будто тот метит в правители мира. Обыскивая дом, Кен убеждается: слух правдив, а сам Карл тайно спелся с Галактором.

Люди по всему миру валятся замертво, и, уловив при этом след радиации, команда идёт по её источнику. Дзинпей и Рю с тремя мальчишками — любителями НЛО ловят странные радиоволны и выходят к Стоунхенджу, откуда прямо из камней возникает машина врага.

На Северном полюсе начинаются мощные подвижки земной коры, а вскоре пропадает без вести отправившийся туда путешественник Симомура — школьный учитель Кена. Кен уходит на поиски и находит лишь уцелевшего пса учителя, Макку, который ведёт его по следу к базе Галактора.

Галактор запускает пробные волны своей солнечной машины, и в городе множатся аварии из-за сбоев главного компьютера. Команда едет разбираться, но там же начинает барахлить техника Бога-Феникса, а состояние киборга Джо стремительно ухудшается под ударом электромагнитного щита врага.

Космический корабль внезапно бьют метеориты, и на морском дне команда находит загадочных роботов, которые уже собирают обломки. Джо загоняет их в угол, но те приветствуют его как «брата»: это такие же киборги доктора Рафаэля, зовущие его в свою колонию.

Команда едет встречать доктора Пандору, будущую секретаршу Намбу, и тайком везёт её в Джи-Таун, когда та вдруг велит свернуть с дороги. Совет оказывается спасением от засады, но Джо настораживают и её улыбка, и то, что она — знаток технологий киборгов.

В доктора Намбу стреляют, и командующей объявляет себя доктор Пандора; Джо готов пустить в неё пулю, но Кен его останавливает. Пока команда по её приказу ищет источник странных мозговых волн, приходит весть о гибели Намбу, и недоверчивый Джо в одиночку возвращается в больницу.

На Джо нападает девушка-байкер и, бросив «спроси у перьевого сюрикэна, почему так вышло», скрывается. Позже она вновь возникает перед ним: это Мако, невеста Гетца, уверенная, будто Джо убил её жениха, — так ей солгал Галактор.

Галактор ставит в Гималаях базу с магматической пушкой, бьющей сквозь Землю по городам, а пробраться туда можно лишь по отвесной трёхкилометровой Северной стене. Терзаясь тем, что он киборг, Джо в одиночку берётся за смертельное задание, и следом за ним тайком идёт Джун.

Узнав о ранении отца, Рю едет в родную рыбацкую деревню, а в тех же водах Галактор готовит взрыв, который должен утопить сушу. Гель Садра принимает появление G-5 за разведку и подсылает в деревню двух убийц по душу Рю.