Цирк марионеток

Наруми Като, которого мучают приступы синдрома Занафа, отступающие лишь когда кто-то рассмеётся, встречает мальчика Масару Сайгу — за тем охотятся люди в чёрном из-за наследства покойного отца, связанного с куклами-каракури. В поезде на них нападают ожившие марионетки, и на защиту встаёт Сирогане — женщина в наряде арлекина, управляющая куклой Арлекином.

Банда Асиханы вновь и вновь пытается схватить Масару, а Наруми, спасая его, едва переживает очередной приступ синдрома. Сирогане с мальчиком перебираются в квартиру Наруми, не подозревая, что за ними следят, — и однажды кукла утаскивает Масару прямо через окно.

Дядя Масару, Зэндзи Сайга, уверяет, что защищает племянника, но доверия не внушает. Наруми и Сирогане штурмуют виллу Сайга, полную смертоносных кукол, а Масару из отцовских записей узнаёт, что его самого готовили как приманку. Тем временем Сирогане приоткрывает Наруми своё прошлое.

Дневник вскрывает, как род Сайга использовал «команду убийц», и Асихана переходит на сторону Масару. Схватка на вилле разгорается, Масару впервые сам берётся управлять Арлекином, а заложенная взрывчатка грозит обрушить особняк.

Спустя два месяца Масару идёт на поправку и живёт с Сирогане, которая ради его защиты поступает в ту же школу. Мальчик знакомит её с Синобу Накамати, заново собирающим свой цирк, и они решают присоединиться к труппе. А Наруми всё это время лежит без сознания в больнице.

Наруми приходит в себя в больнице в Иллинойсе — без памяти, с протезом вместо руки, спасённый неким Ги Кристофом Решем. В клинике содержат тысячи детей с синдромом Занафа, которых уберегают лишь постоянные улыбки персонала. Реш открывает Наруми, что Полуночный цирк намеренно сеет эту болезнь автоматами, и предлагает ему самому стать «сирогане».

Наруми соглашается стать «сирогане», чтобы защищать детей. Тем временем в цирке Накамати Сирогане выступает клоуном, а автомат-убийца Вильма бросает ей вызов и подбирается к Масару — но Сирогане встаёт у неё на пути.

Ради рекламы цирка Сирогане участвует в конкурсе красоты, а в небе над Китаем Наруми, Ги и Люсиль отбиваются от автоматов, захвативших самолёт. Крушение обрывает торжественное открытие цирка — и сквозь пламя к Масару выходит тот, кого он так ждал.

После крушения Сирогане делится пережитым, а истомлённый снами Масару ищет Наруми. В горах Китая Наруми, Люсиль и Мин Ся находят её отца, умирающего от синдрома у источника Аква Виты, и тот заводит рассказ о своих предках — алхимиках Ине и Цзине, учившихся в Праге, и о женщине по имени Франсина.

В воспоминаниях Иня оживает давняя трагедия: разлад братьев из-за Франсины, рождение эликсира Аква Вита и первой куклы, наречённой её именем. Так открывается, откуда пошла вражда, в которую теперь втянуты Наруми и Сирогане.

Широгане — воины, охотящиеся на боевых марионеток Полуночного цирка, — готовят штурм в песках Сахары. Наруми, Люсиль и Мин-Ся присоединяются к ним и в самом сердце цирка сталкиваются с Безликим командиром. «Четвёрка пионеров» предлагает решить исход в поединках один на один.

Пока Фатиму и Мин-Ся приводят в чувство, Наруми с товарищами пробивается сквозь смертельные ловушки Полуночного цирка и разделяется на два отряда. Джордж и Асихана спешат на помощь на вертолёте, а впереди героев ждут новые западни и встреча с самим Безликим.

Отряд Тора сдерживает «Четвёрку пионеров», пока обессиленный Наруми пытается пробиться к кукле-Франсине. На арену выходит Люсиль со своей марионеткой Анджелиной и заставляет цирк замереть, обращаясь напрямую к кукловоду Дотторе.

Марионетки Панталоне и Арлекино крушат всё на своём пути, и Наруми вступает с ними в отчаянную схватку. Та, кого все принимали за Франсину, признаётся, что она лишь копия, а настоящая скрыта в другом месте, — и ярость едва не толкает Наруми на непоправимое.

На развалинах поместья Сайга Масару получает письмо и связку ключей от Садаёси и узнаёт тайну своего происхождения. Кукловоды клана Курога нападают на мальчика, приняв его за врага, и ему приходится отбиваться собственными марионетками.

Сёдзи заставляет Масару выпить своей крови, и мальчика захлёстывают чужие воспоминания. Перед ним оживает прошлое: додзё Миура, встреча с прекрасной Анджелиной и роковое решение выпить «живой воды» (Аква Вита) ради вечной жизни рядом с ней.

Воспоминания продолжаются: оказывается, Садаёси был приёмным сыном. Ги рассказывает, как заразился синдромом Дзонафа и превратился в Широгане, и как столкнулся с Анджелиной, не пожелавшей отдавать свой «мягкий камень» — источник силы марионеток.

Сёдзи даёт новорождённой дочери имя Элеонора. Её появление на свет странно сказывается на Ги и на марионетке Франсине, а вскоре автоматы идут в атаку, охотясь за «мягким камнем», что теперь сокрыт в малышке.

Ги упорно называет Масару перерождённым Садаёси, но мальчик всё отрицает и, столкнувшись с Элеонорой, лишается чувств. Воспоминания Сёдзи приоткрывают жизнь Элеоноры в Кибероне и предательство Садаёси, задумавшего любой ценой обрести бессмертие.

Масару вспоминает автокатастрофу, в которой Садаёси вложил в него свою память. В Каруидзаве Безликий командир по имени Дайки объявляет себя отцом мальчика и нападает, а удар, предназначенный Масару, принимает на себя Элеонора.

Пока жители деревни один за другим гибнут от синдрома Дзонафа, Безликий выпускает исполинскую марионетку Артемиду, сотканную из смертоносных микромашин «Аполлион». Наруми и Ги бросаются в погоню, чтобы добраться до института, где надеются найти оружие против заразы.

Пока герои рвутся к спасительному «Гарри», Мин-Ся сходится в поединке с Игроком Джонсом ради спасения Тома. Джордж музыкой успокаивает перепуганных детей, а Асихана бросает вызов марионетке Панталоне.

Приняв кровь Широгане, Асихана продолжает бой с Панталоне. Наруми и Мин-Ся прорываются к лаборатории доктора Банхарта, где их встречают новые автоматы — Блом-Блом Лоу и Дрилл Септембер.

Наруми и Мин-Ся справляются с автоматами в лаборатории, а Асихана, пощадив Панталоне, неожиданно получает от него помощь. Спасённых вместе с драгоценным «Гарри» вывозит длинноногий клоунский экспресс, тогда как Масару и Лизе бросаются в погоню за дирижаблем Безликого.

Масару и Лизе терпят крушение у стен Мон-Сен-Мишель. На дирижабле Элеонора знакомится с марионетками Безликого вроде капитана Грациано, а на острове на Масару набрасываются звери доктора Лао — и в разгар схватки мальчик делает жуткое открытие о телах воинов Широгане.

Лизе укрощает зверей доктора Лао, а Безликий, стремясь завладеть телом Масару, вымещает злобу на Элеоноре. Коломбина открывает мальчику страшную правду о марионетках, после чего перед ним во главе новых автоматов встаёт сам Безликий.

Масару с марионеткой Арлекином отбивается от полчищ автоматов, пока Лизе и Коломбина пытаются остановить ракету Безликого. Тот идёт на последнее средство — перенести собственное сознание прямо в тело мальчика.

Масару сопротивляется чужой воле, черпая силы в крови Элеоноры. Коломбина принимает бой с плюшевыми медведями Диамантины, а Наруми наконец добирается до места отчаянного сражения.

Элеонора доказывает свою верность, делясь «живой водой» с умирающими от синдрома Дзонафа, но Наруми всё ещё ей не доверяет. Безликий грозит истребить человечество роем «Аполлиона», и Фоу готовит ответ — послать в бой «Гарри».

Умирающий Ги в последний раз бросает Наруми вызов из-за Элеоноры. Масару, узнав, что Наруми жив, пускается на его поиски, а цирк Накамати с «Гарри» на борту спешит к стартовой площадке.