Мобильный воин Гандам: Поколение

Космическая колония Гелиополис, принадлежащая нейтральному Союзу Орб, вопреки своему нейтралитету подвергается внезапному нападению ЗАФТ. Юный Кира Ямато случайно натыкается на секретные прототипы мобильных доспехов Земного Альянса — и в разгар атаки узнаёт среди врагов своего друга детства Асрана Залу, теперь солдата ЗАФТ.

Диверсанты ЗАФТ угоняют четыре из пяти прототипов, и в руках Альянса остаётся лишь мобильный доспех «Страйк». Когда управлять им оказывается некому, за рычаги садится Кира и вступает в бой, защищая друзей, а уцелевший экипаж принимает командование новым штурмовым кораблём «Архангел».

Лейтенант Мурру Рамиус принимает командование «Архангелом», а Киру и его друзей задерживают: они видели сверхсекретное оружие. Асран, нарушив приказ, вылетает лично убедиться, что за штурвалом «Страйка» действительно его друг детства.

Кира подбирает дрейфующую спасательную капсулу, и среди спасённых оказывается Флей Олстер. «Архангел» берёт курс на военный спутник Артемис в надежде на помощь, а Рау Ле Кройзе, идя по следу, готовит новую атаку. Кира решает и дальше пилотировать «Страйк», а его друзья вступают в экипаж.

Му Ла Флага и Кира идут в контратаку на корабль ЗАФТ «Весалиус». В разгар боя у «Страйка» садится энергия фазовой брони, и Асран пользуется моментом, чтобы захватить машину вместе с Кирой.

Экипаж «Архангела» удерживают силы Артемиса. Николь Амальфи на своём «Блице» атакует крепость, используя маскировку «мираж-коллоид», которая делает его практически невидимым, — и в возникшей суматохе «Архангел» находит шанс ускользнуть.

В поясе обломков «Архангел» ищет воду и с ужасом обнаруживает, что стоит среди руин Джуниус-7. Пока экипаж чтит память погибших и добывает лёд, на них нападает мобильный доспех ЗАФТ.

В спасательной капсуле находят Лакус Клайн — дочь председателя Верховного совета ПЛАНТ. Её присутствие накаляет обстановку на борту, но весть о том, что на поиски «Архангела» вышел 8-й флот, вселяет в экипаж надежду.

По пути к 8-му флоту «Архангел» попадает под удар отряда Ле Кройзе. Кире не удаётся прикрыть корабли сопровождения, и Флей на его глазах теряет отца. В отчаянии экипаж раскрывает, что на борту находится Лакус.

Подавленного случившимся Киру утешает Лакус, тайком разгуливающая по кораблю. Вопреки приказу Кира возвращает её Асрану, но отвергает предложение друга перейти на сторону ЗАФТ.

Ле Кройзе снова обрушивается на «Архангел». Отчаянное желание защитить друзей пробуждает в Кире неведомую, почти берсеркерскую силу.

Киру и его друзей отпускают с «Архангела», но, оправившись от гибели отца, Флей решает записаться в силы Земного Альянса, а следом за ней — и остальные ребята. Кира остаётся на борту, чтобы и дальше защищать друзей.

Ле Кройзе перехватывает «Архангел» и 8-й флот на подступах к Земле. Кораблю удаётся уйти в атмосферу, но дорогой ценой, а пилот ЗАФТ Изак Джул, не сумев совладать с яростью, срывает её на тех, кто не может дать отпор.

Ретроспектива: Рау Ле Кройзе оглядывается на события с начала войны и вспоминает историю координаторов — от рождения первого из них, Джорджа Гленна.

«Архангел» подхватывает Киру при входе в атмосферу, но вместо Аляски корабль оказывается в контролируемой ЗАФТ Сахаре, далеко от цели. Флей начинает заботиться о Кире и утешает его, когда того мучают воспоминания о недавнем бое.

На «Архангел» набрасываются пустынные мобильные доспехи ЗАФТ. Кира спешно взлетает, но в песках он неопытен, и его умение приспосабливаться поражает командующего ЗАФТ Эндрю Вальтфельда. Когда у «Страйка» почти иссякает энергия, на выручку приходит отряд сопротивления.

Мурру Рамиус благодарит партизан и заключает с ними союз: это «Рассвет пустыни», сражающийся против Вальтфельда. Кира вновь встречает Кагалли Юлу Атху — загадочную девушку, которую впервые увидел ещё на заводе Гелиополиса, — теперь она в рядах отряда.

Хотя Пустынный тигр щадит мирных жителей, бойцы «Рассвета пустыни», не в силах простить разорения, дерзко бросаются в атаку на ЗАФТ. Вылазка оборачивается провалом, и большинство из них спасает Кира на «Страйке».

Киру и Кагалли вместе с Наталь и партизанами отправляют в захваченный ЗАФТ город за припасами. Подростки попадают под теракт «Голубого космоса», и, спасая одного из горожан, Кира не подозревает, что перед ним сам Эндрю Вальтфельд.

У Асрана и Николя выходной; Асран проводит день с Лакус, и разговор заходит о Кире. Тем временем Верховный совет ПЛАНТ спорит, начинать ли операцию под кодовым названием «Спитбрейк».

Разгорается решающая схватка между «Лессепсом» и «Рассветом пустыни». В бою с Пустынным тигром Кира сполна ощущает, каково это — когда враг перестаёт быть безликим.

С Кагалли и Ледониром Кисакой на борту «Архангел» пересекает Красное море, держа курс на нейтральный Союз Орб. Кира, всё ещё подавленный недавним боем, делится с Кагалли своими мыслями о войне, чем вызывает ревность Флей, — и тут на корабль нападают воздушные и подводные доспехи ЗАФТ.

Бой с подводными силами ЗАФТ под началом Марко Морассима не даёт Кире вылететь вместе с Му и Кагалли. Машина Кагалли получает повреждения, и на обратном пути она сталкивается с транспортником Асрана — оба оказываются сбиты и по воле случая на одном необитаемом острове.

Кагалли поражена, обнаружив на острове Асрана. Она бросается на него, но терпит поражение и попадает в плен. Когда страсти утихают, вчерашние враги заводят разговор о войне и о том, ради чего каждый из них сражается.

«Архангел» атакует отряд Залы из команды Ле Кройзе, и корабль получает серьёзные повреждения. Но, войдя в воды нейтрального Союза Орб, он оказывается под защитой — ЗАФТ прогоняют. Не поверив официальному заявлению Орба, отряд Залы тайком проникает в страну.

Ретроспектива первых 25 серий, рассказанная от лица Мигеля Аймана.

Старший инженер Моргенроэте Эрика Симмонс изучает боевые логи «Страйка» и приходит к мысли, что Кира превосходит прочих координаторов, размышляя о так называемом «факторе SEED». Она показывает юноше машины, которые разрабатывает Орб, и просит создать операционную систему, пригодную для обычных людей.

Кире и его друзьям дают шанс повидаться с укрывшимися в Орбе родителями. Кира отказывается идти, но его родители встречаются с Удзуми Нара Атхой, который намекает на скрытую связь между Кирой и Кагалли. Тем временем Кира дописывает операционную систему для машин Орба, а случайная прогулка сталкивает его лицом к лицу с Асраном.

«Архангел» без Кагалли на борту покидает Орб, держа курс на Аляску, и терпеливо поджидавший отряд Залы навязывает бой. С помощью Му и Толле Кира сдерживает натиск, но когда они с Асраном вновь скрещивают клинки, в схватку неожиданно вмешивается Николь.

Отряд Залы снова пытается покончить с «Архангелом» и «Страйком». Му сбивает «Бастер» Дэарки, и тот сдаётся. А обрушившееся на Киру и Асрана горе толкает их драться уже не на жизнь, а на смерть.