Шангри-Ла

Юную Кунико Ходзё выпускают из исправительного центра, и она возвращается в родной город Дуомо, где её готовят в вожди «Метал Эйдж» — сопротивления, восставшего против драконовской экологической политики властей. Едва девушка успевает отпраздновать возвращение, как военные Атласа обрушивают на город внезапный удар.

После загадочной бомбардировки уцелевшие разбирают завалы Дуомо, а Кунико с товарищами отправляется к предполагаемому источнику атаки — в ядовитые джунгли Икэбукуро, затопленные болотным газом. Там отряд натыкается на военных, и Кунико берёт в плен майора Кусанаги, чтобы выведать, зачем армия сюда пришла.

Кунико узнаёт от бабушки Нагико, что её родная мать когда-то жила в закрытом городе Атлас, и загорается желанием попасть туда. Вместе с Момоко и Такэхико она пробирается в город под видом строителей — но на контрольном пункте маскировка даёт трещину.

Чтобы оплатить восстание против Атласа, Кунико решает продать городские запасы графита и отправляется на чёрный рынок Нео-Акихабары — уголок, где ещё живы лавки электроники и отаку. Тем временем гений финансов Карин Исида понимает, что кто-то чужой играет на её углеродном рынке.

Кунико и Момоко сталкиваются с Кунихито, прикинувшимся отаку, и решают проследить за ним по торговым рядам Нео-Акихабары. Момоко силком устраивает этим двоим свидание, на котором заклятые враги наконец знакомятся по-настоящему — и разговор быстро идёт под откос.

Карин убеждает правительство подставить под удар экономику целой страны, лишь бы выманить таинственную компанию «Серпент», что манипулирует углеродным рынком. Кунико с помощью Нагико тоже включается в охоту и пытается вычислить, откуда тянутся нити.

Люди Рёко врываются в Дуомо и уводят Кунико — а заодно ввязавшуюся Томоку — обратно в тот самый исправительный центр, где теперь заправляет сама Рёко. За решёткой Кунико травит банда Рены, выслуживающая себе место в Атласе, и девушке снова приходится держать удар.

Атлас объявляет о скорой казни Кунико, и Момоко проносит ей в камеру еду от Нагико и платье к последнему дню. Но заключённые под шумок готовят дерзкий план побега, а помада, которую надевает Кунико, скрывает куда больше, чем кажется.

Пока Кунико, Момоко и Томока любуются солнечным затмением, снайпер Саёко открывает по ним огонь. В завязавшейся схватке Момоко захватывают в плен и увозят прочь, а Кунико в горячке едва не задевает бумерангом собственного друга Мийко.

В «Метал Эйдж» спорят, встанет ли Кунико во главе сопротивления вместо Нагико. Саёко тем временем пытает пленного Момоко сывороткой правды, а Кунико наконец принимает решение — и берёт из рук бабушки клинок Солнца.

Карин напевает колыбельную, сама не помня, откуда её знает, а к затворнице, что боится внешнего мира, вдруг наведывается длинноволосый юноша, которого не замечает ни одна камера. Он раз за разом зовёт девушку выйти наружу — туда, где она найдёт то, что потеряла.

Рёко объявляет о бессрочной заморозке проекта переселения в Атлас, и взбешённая «Метал Эйдж» под началом Кунико готовит ответный воздушный удар по городу. Кунико с Такэхико отправляются на Нео-Акихабару за горой взрывчатки и боеприпасов.

Кунико объявляет о начале борьбы «Метал Эйдж» за выживание и отправляется на руины авиабазы Ёкота за гигантским бомбардировщиком-невидимкой. Пока рабочие-строители поднимают бунт против бесчеловечных порядков Атласа, армада сопротивления идёт на штурм города — и небо встречает её огнём.

Прорвавшись за внутреннюю стену Атласа, отряды «Метал Эйдж» оказываются в лабиринте голограмм, воссоздающих старый Токио, и гибнут под ударами мимикрирующих дронов. Пробираясь сквозь призрачный город, Кунико узнаёт историю Атласа — детища корпорации, что выросло на руинах разрушенной землетрясением столицы.

Загнанная в угол Рёко грозит взорвать этаж с бойцами «Метал Эйдж», но Талсиан вдруг предлагает перемирие. К всеобщему изумлению Кунико соглашается — она не хочет, чтобы восстание обернулось изоляцией всей Японии от мира.

Кунико узнаёт, что загадочные обстрелы исходят вовсе не от людей, а от генетически изменённого растения по имени Дедал, грозящего поглотить всё живое за стенами Атласа. Собрав отряд, она идёт выжечь Дедал огнём — но лес даёт отпор.

Такэхико открывает Кунико страшную правду: его подослал Атлас, но, узнав, что город построен на костях принесённых в жертву детей — включая его собственную сестру, — он обратил клинок против всех. Едва избежав гибели, Кунико приходит к отчаянному решению и является к Карин с просьбой, от которой у той стынет кровь.

В обмен на клинок Солнца Карин соглашается ссудить Кунико ресурсы, а серьга Момоко приводит их к Микуни — и девушки с ужасом осознают, что, возможно, они сёстры. Тем временем Дедал расползается уже и по Дуомо, и по самому Атласу, и Кунико затевает опасный торг с Рёко.

Под командованием Кунико и Кунихито бомбардировщики выжигают заражённый Дедалом Токио, а Атлас впервые впускает беженцев под присмотром «Метал Эйдж». Ради спасения остальных Кунико приходится собственными руками стереть с лица земли родной Дуомо.

Когда клинки Кунико и Кунихито соприкасаются, на земле проступает загадочный звёздный узор с Атласом в самом центре. Нагико и Талсиан раскрывают его тайну — и то, какой страшной ценой Атлас удерживает землю от разрушительных толчков.

На руинах разбомблённой Акихабары Кунико поднимает сломленную Карин на общее дело — обуздать вышедший из-под контроля ИИ «Медуза», грозящий обрушить мировую экономику. Их дерзкая атака со спутника достигает цели, но «Медуза» выживает — и тянется к ядерным арсеналам планеты.

Кунико с друзьями рвутся к Микуни, чтобы не дать ей стать наследницей Атласа и первыми запустить защитный ИИ «Зевс». Но, добравшись до цели, Кунико понимает, что система ей не подвластна, — а сама Рёко оказывается вовсе не тем, кем казалась.

Мнимое предательство Кунихито оказывается уловкой, и Кунико вместе с друзьями бросается в погоню за Рёко в самые недра Атласа. А Карин, отчаянно пытаясь остановить «Медузу», узнаёт горькую правду о собственных родителях.

В решающей схватке Кунико встаёт между Микуни, Рёко и обезумевшей «Медузой», в чьих руках теперь ядерные арсеналы всего мира. На кону судьба планеты — и самая сокровенная тайна происхождения самой Кунико, ради которой и затевался Атлас.