Некий научный Рейлган S

Харуэ вместе с Сатэн и Уихару выбирается в «Сад обучения» — навестить Мисаку с Сирай и заодно пройтись по магазинам. После девушки заглядывают в больницу к Эдасаки, которая проходит реабилитацию, и спокойный день оборачивается совсем неожиданно.

После сна о собственном прошлом Мисака выбирается за покупками, но по дороге через переулок, который подсказала Куроко, девушки находят конверт с денежной картой — один из многих, разбросанных по городу. А в другой части Академгорода Сатэн замечает девушку, до странности похожую на Мисаку.

По городу ползут слухи, будто Мисака стала образцом для проекта по созданию клонов пятого уровня. Услышав, как незнакомая девушка по имени Нунотаба называет её «оригиналом», Мисака решает разузнать о ней — и выходит на больницу, где когда-то сдавала карту своего ДНК.

В приподнятом настроении Мисака проводит день с подругами в торговом центре «Седьмой туман», а после возится с местной детворой. Тем временем одна из её клонов проходит очередной этап подготовки.

Столкнувшись лицом к лицу с собственной копией, Мисака помогает ей снять кота с дерева, угощает мороженым и даже пьёт с ней чай. И лишь потом узнаёт, ради какого зловещего замысла на свет появились её «сёстры».

Мисака срывается на Акселераторе, но остаётся ни с чем и лишь яснее понимает, во что оказалась втянута. Чувствуя вину за то, что всё это допустила, она выслушивает Нунотабу, которая рассуждает о том, чем для города обернулось само существование клонов.

Мисака удалённо выводит из строя большинство исследовательских комплексов, но её отрезают от сети, и с остальным приходится разбираться уже на месте. Сирай решает помочь по-своему — усерднее нести службу в патруле, вот только рискует замкнуться и оттолкнуть подруг.

Бойцы теневой организации ITEM, едва закончив одно дело, получают приказ оборонять уцелевшие лаборатории. Пробираясь в одно из зданий, Мисака натыкается на участницу ITEM — Френду, а Нунотаба тем временем наведывается в соседний корпус.

Пробираясь всё глубже в лабораторию, Мисака ведёт с Мугино игру в кошки-мышки. А Нунотаба в это время проникает в пультовую, задумав сорвать эксперимент — подбросить в Сеть Мисаки новый, незапланированный фактор.

Поняв, кто перед ней, Мугино берётся за Мисаку всерьёз, готовая отстаивать своё третье место среди эсперов города. А когда Френда, спеша в другой корпус, впопыхах бросает свои куклы-бомбы, Мисака подбирает их и пускает в ход, чтобы возместить иссякающие силы.

У сломанного автомата в парке Мисака снова сталкивается с Камидзё, а подоспевшая Сирай принимает его за её парня. Но радость гаснет: наткнувшись на очередную свою копию, Мисака понимает, что эксперименты и не думали прекращаться.

Мисака берётся за последнее дело — остановить эксперименты, уничтожив суперкомпьютер Tree Diagram, на расчётах которого всё держится. А Камидзё вновь встречает клона №10032 и вместе с ней решает, как быть с найденным ею бездомным котёнком.

Сорвав попытку добраться до Tree Diagram, Мисака вымещает злость на ближайшей лаборатории, причастной к проекту. Тем временем Акселератор и клон №10031 приступают к своему эксперименту, а Камидзё разыскивает пропавшую «сестру» Мисаки.

Пока Сирай тревожится, что Мисака снова не ночует дома, к ней заглядывает Камидзё и находит бумаги о проекте. Он догоняет Мисаку на мосту и пытается отговорить её от отчаянного шага.

Камидзё мчится к месту эксперимента, но тот уже начался. Он бросает вызов Акселератору, и тот принимает его за очередного претендента на своё место — пока на глазах у Мисаки впервые не получает по носу.

Мисака заступается за клона №10032, прямо говоря, что делает это потому, что они сёстры. На другой день они вместе гуляют в парке, и №10032 просит её об особой услуге. А вот выразить благодарность Камидзё у Мисаки никак не выходит.

Летние каникулы на исходе, и девушки собираются у Сатэн, чтобы разом нагнать домашку. Заодно решают устроить складчину на общий котёл, но выбрать, что принести, у большинства получается с трудом — и не без сюрпризов.

Эдасаки выписывают из больницы, и теперь она будет жить у Харуэ. Для Уихару это переезд с горчинкой — она теряет соседку, но понимает, что так лучше. А тем временем в городе назревает что-то новое.

Малышка Фебри мгновенно проникается симпатией к Сатэн и тепла со всеми — кроме Мисаки, чему та немало огорчена. В «Джаджменте» Уихару не находит о девочке ровно никаких данных, и Фебри решают определить в приют как «ребёнка-ошибку».

Пока Ёмикава берётся за расследование взбунтовавшихся охранных роботов, Конори зовёт всю компанию в баню. На обратном пути череда обходных троп выводит девушек прямо на ещё одного, куда более опасного вышедшего из-под контроля робота.

Узнав, что Фебри — искусственное создание, Мисака полна решимости отыскать её создателей и заставить их всё исправить. Расследование буксует по всем направлениям, даже когда подруги отрабатывают зацепки, — пока помощь не приходит с самой неожиданной стороны.

Терестина нехотя подсказывает Мисаке, где искать тех, кто стоит за тайной Фебри. С помощью Конго девушки выясняют, что нужный им человек — Аритоми, и узнают больше о нём и его организации STUDY.

Аритоми открывает Мисаке, ради чего затеян проект STUDY. Заодно она узнаёт, в какую беду попала Нунотаба, и часть замысла, который STUDY готовит к завтрашнему собранию. Вот только сумеет ли она вырваться и всё это остановить?

Сирай, Конори, Конго и остальные вместе с Уихару и Сатэн вступают в бой с силовыми костюмами сразу на четырёх площадках собрания — и вскоре к ним подходит подмога. Мисака и Фебри берутся за самого Аритоми, но у того припасён последний козырь.