Некий научный Рейлган

Академгород — место, где почти каждый ученик наделён той или иной сверхспособностью. Когда Микото Мисака и её подруги случайно оказываются рядом с грабителями банка, а Руйко получает травму, спасая прохожего, сильнейшая эспер школы Токивадай в гневе пускает в ход свой коронный «рельсотрон».

За применение способностей прямо в общежитии Микото и Куроко отправляют чистить бассейн. А позже Куроко, случайно глотнув сильного любовного зелья, окончательно теряет голову от своей обожаемой «старшей сестрицы» Микото.

По городу орудует неизвестный: оглушает учениц и разрисовывает им лица несмываемым маркером. Пока Куроко и Уихару из Джаджмента идут по следу, очередной жертвой становится сама Руйко.

Неловкая встреча с одним невезучим старшеклассником, Камидзё, выводит гордую Микото из себя, и она вызывает его на поединок. Вот только её разряды почему-то бессильны против его правой руки. А девчонки тем временем увлечённо собирают городские байки.

Ссора Уихару и Куроко уводит в воспоминания о тех днях, когда обе только пришли в Джаджмент зелёными новобранцами. Одно опасное задание тогда связало подруг обещанием на всю жизнь.

По всему Академгороду кто-то подкладывает бомбы, и остановить подрывника должен Джаджмент. Микото, которой не терпится ввязаться в дело, одалживает значок Уихару и берётся за расследование сама.

Куроко и Конори начинают подозревать, что подрывник метит именно в сотрудников Джаджмента. А Уихару, Микото и Сатэн беззаботно ходят по магазинам — пока не оказываются в самом центре взрывоопасной ловушки.

По городу ползёт слух о «Level Upper» — способе разом поднять уровень эспера. Микото и Куроко не верят в такое, пока не сталкиваются с задирой, чья сила подскочила необъяснимо, — а вскоре тот без всякой причины впадает в кому.

Микото и Куроко расспрашивают доктора Кияму о том, чем грозит «Level Upper». А Сатэн, которой в руки попал заветный файл, мучается сомнениями: воспользоваться ли им, зная, что за лёгкую силу можно дорого заплатить.

Признавшись Уихару, что всё-таки включила «Level Upper», Сатэн падает без сознания. Микото и Куроко выясняют: все впавшие в кому связаны между собой куда теснее, чем кажется поначалу.

Нечаянно заглянув в сознание Киямы, Микото узнаёт, что на самом деле движет доктором. Но стоит скрытой сети выйти из-под контроля, как перед Микото вырастает настоящее чудовище.

Порождённый вышедшей из-под контроля силой монстр движется к атомной станции, и остановить его нужно любой ценой. Уихару выигрывает драгоценные минуты, но по-настоящему сдержать чудовище под силу, похоже, лишь одной Микото.

Клуб плавания уговаривает Микото с подругами побыть моделями и покрасоваться в купальниках. А устав от позирования, девчонки дружно берутся стряпать карри.

Сатэн и остальных, кто попался на «Level Upper», на выходные отправляют на особые занятия к учительнице Комоэ и Ёмикаве. Урок выходит не столько наказанием, сколько поводом кое-что понять о себе.

Микото и Куроко берутся за банду «Скилл-Аут» — сборище бессильных, что нападает на эсперов по всему Академгороду. Странно одно: то и дело в нужный миг появляется загадочный парень и сам гасит стычки.

Всплывает прошлое Конори, некогда связанной с группировкой «Большой паук». В настоящем она разрывается: как остаться верной долгу сотрудницы Джаджмента и при этом не предать Куродзуму, которого знала когда-то.

По совету Комоэ и Ёмикавы служащая Анти-Скилл Цудзури Тэссо решает завести хобби — и вновь открывает для себя старый аркадный автомат, любимый с детства. Неожиданно у неё находится товарищ по увлечению.

Девчонки решают свести коменданта своего общежития с Дайго, учителем Уихару и Сатэн. Дело идёт на лад — пока Дайго вдруг не заводит речь о свадьбе.

Приходит пора большого летнего фестиваля, и школы готовятся встречать гостей. Микото предстоит сыграть сольную партию на скрипке — если только волнение не подведёт её в самый ответственный миг.

Череда странных подземных толчков оказывается связана с явлением, которое зовут полтергейстом. И, похоже, ниточка ведёт к новой соседке Уихару по комнате.

Куроко всё больше подозревает Харуэ в причастности к полтергейсту, и это ссорит её с Уихару. А сама Харуэ наконец приоткрывает то, о чём долго молчала.

Прошлое Харуэ и Эдасаки сходится в одном приюте для одарённых сирот — «Чайлд-Эррор». Тем временем Микото узнаёт, что выпущенная под залог доктор Кияма снова взялась за старое — заодно с загадочным «Доктором-лягушкой».

Терестина раскрывает, кто она на самом деле и какой замысел вынашивала всё это время. Куроко и остальные клянутся встать плечом к плечу с Микото, чтобы спасти детей, которым грозит беда.

Микото с подругами прорываются к зданию, где держат детей. Но Терестина запускает «Capacity Down», разом лишая эсперов их сил, — и теперь всё решает та, у кого способностей нет вовсе, обычная Сатэн.