Космический пират капитан Харлок

2977 год. Человечество вышло в космос и живёт в праздности: еду выращивают роботы, а правительство держит людей в повиновении гипнотическими сигналами с телеэкранов. Лишь космический пират капитан Харлок видит надвигающуюся угрозу, но прислушиваются к нему только верные соратники с корабля «Аркадия».

Правительственный транспорт гибнет от удара неопознанного корабля, и вину сваливают на Харлока — а чтобы выманить пирата, решают использовать Маю, девочку, доверенную ему погибшим другом. Так «Аркадия» впервые сталкивается с таинственным врагом — расой Мазон. Тем временем доктор Дайба с сыном Тадаси тщетно пытаются достучаться до премьер-министра.

Упавшая с неба сфера сеет панику в городе. Осматривая её вместе с Дайбой и Тадаси, профессор Куско подозревает, что надпись на «вымпеле» — это притязание на Землю, но премьер снова отмахивается от предупреждений. А предводительница вторжения велит убивать всякого, кто разгадает смысл послания.

Харлок зовёт Тадаси в свою команду, но юноша покидает «Аркадию». Тем временем профессор Куско наконец расшифровывает вымпел и объявляет кабинету министров: Мазон намерены сделать Землю своей второй родиной. Однако власти не проявляют к этой вести ни малейшего интереса.

Всё же вступив в команду, Тадаси слышит от Харлока странный совет — просто бездельничать и наслаждаться жизнью, а вид праздных пиратов и вовсе рушит его представления об «Аркадии». Замкнутое пространство корабля давит на юношу, и ему всё чаще является образ матери, погибшей на Тритоне, спутнике Нептуна.

Пленный солдат обронил имя королевы Лафресии. Желая узнать о враге больше и заодно испытать Тадаси, Харлок посылает команду собрать обломки сбитого корабля Мазон — и анализ намекает, что эта раса как-то связана с древней Землёй. В минуту затишья капитан пишет письмо Маю, оставшейся под опекой правительства.

Заметив из космоса странное образование, «Аркадия» направляется в район Бермуд. На дне океана экипаж находит пирамиду Мазон и раскрывает главную тайну врага: это раса растений. Узнав, что мазоны рассеяны по всей планете и притаились даже рядом с Маю, Харлок берётся за дело сам.

Оказывается, вымпел и пирамида — это маяки, что ведут флот Мазон к Земле. Чувствуя приближение решающей схватки и долг перед Маю, Харлок поворачивает к родной планете. Когда капитан отпускает пленную предводительницу мазонов, Тадаси в жажде мести бросается за ней в погоню — и попадает под удар.

Доктор Зеро исследует волос пленной мазонки и находит, что его состав совпадает с соком растений у древних руин. Чтобы разгадать эту связь, Харлок отправляет Тадаси и первого помощника Яттарана добыть Огненный сосуд.

Уверенный, что все джунгли Земли кишат мазонами, Харлок возвращается на Пиратский остров. Но там его настигает Алергиас: мстя за гибель своей подручной в Южной Америке, она обрушивает на «Аркадию» атаку.

«Аркадия» достигает Венеры и берёт в плен уцелевшую мазонку по имени Лола — та, в отличие от сородичей, не подрывает себя, а лишь зловеще улыбается. Харлок поручает Тадаси стеречь пленницу, но она околдовывает юношу видениями погибшей матери, и он теряет бдительность.

Казня себя за то, что проболтался Лоле об «Аркадии», Тадаси до изнеможения оттачивает меткость перед новым боем. А на окаменелом материке Венеры экипаж замечает исполинские рисунки вроде линий Наска — и след ведёт к тайне о Земле, которой уже более ста восьмидесяти миллионов лет.

Третий сигнал приводит «Аркадию» в Саргассово море, где её уже поджидает ведьма Аман. В бой против пиратов она поднимает призрак японского военного корабля 1945 года, и заинтригованный Харлок спускается на морское дно, чтобы разгадать это наваждение.

Командир Кирута похищает Маю, и Харлок, готовый на всё ради её спасения, получает от него послание с указаниями: лететь в египетский Каир, пересесть на «Сессну», а «Аркадии» ждать в Долине мёртвых. Ловушка расставлена, но капитан идёт в неё сам.

Искусственное северное сияние глушит связь и приборы «Аркадии», а у Северного полюса корабль намертво вмерзает в вечные льды по воле посланницы Лафресии. Командир Кирута пытается воспользоваться бедой пиратов, но его бомбардировка лишь помогает «Аркадии» вырваться из ледяного плена.

Штурман Кэй Юки приходит на могилу родителей, и там появляется Кадзуя — бывший ученик её отца. Когда-то они мечтали построить космическую колонию не из машин, а с живой природой, как на Земле, но опыт обернулся крахом, и уцелевший Кадзуя вернулся, затаив обиду на её отца.

В космосе экипаж вылавливает бутылку с посланием — сигнал бедствия от капитана Яманаки, чей корабль сгинул у туманности Конская Голова. «Аркадия» тут же берёт курс на зов о помощи.

Кэй Юки приходит на могилу родителей и встречает Кадзую — бывшего ученика своего отца. Когда-то они вместе пытались создать космическую колонию с живой земной природой вместо холодных машин, но эксперимент обернулся катастрофой. Кадзуя, единственный выживший, винит в гибели отца Кэй — и всё же, раскаиваясь, надеется довести начатое до конца.

На «Аркадии» ровно сорок два члена команды — и мазоны в туманности Конская Голова принимаются тайно читать мысли каждого из них, выискивая слабое место. Разгадав экипаж до конца, королева Лафресия готовит новый удар.

Джура — родина Мимэ, безмолвной спутницы Харлока, давно выжженная ядерным огнём. Во время редкого визита на мёртвую планету Мимэ и капитан вновь попадают в западню мазонов.

Вернувшись во внутреннюю Солнечную систему, у Юпитера «Аркадия» подвергается нападению неведомых существ — но те оказываются вовсе не мазонами. Тадаси берёт живым капитана Горама, воина с планетки Тобага из пояса астероидов между Юпитером и Марсом.

Харлок изучает бесценные сведения о вражеском флоте, оставленные Горамом. Тем временем Лафресия роняет на Марс вымпел, пришедший из туманности Андромеды, и «Аркадия» устремляется навстречу врагу.

После победы Харлок поручает Яттарану стеречь пленных, но в плен попадает сам первый помощник! Доктор Зеро, знавший его ещё со школьной скамьи, рассказывает команде о редком таланте Яттарана разбирать «Аркадию» до винтика. Этим и решает воспользоваться лазутчица Эльза, вызвав страстного моделиста на состязание: собрать точную копию пиратского корабля.

С мазонского флота бегут двое влюблённых — Зорба, сын воина Зола, и лекарка мазонов Люсия. Команда поначалу подозревает в девушке шпионку, но, видя, как рьяно враги охотятся за беглецами, проникается к ней доверием. А затем мазоны идут в общее наступление, и убитому горем Зорбе предстоит вновь обрести мужество.

Гибель Зорбы и Люсии наполняет доктора Зеро яростью, и он в одиночку бросается в бой посреди магнитной бури, оставив кота на попечение кока Масу — но питомец тайком пробирается к нему в кабину истребителя. А команду тем временем ждёт открытие, что переворачивает всё их представление о том, кто такие мазоны на самом деле.

Упорное сопротивление Харлока сеет раздор в стане мазонов: военные всё громче твердят, что мирный народ — обуза, которую пора бросить. Но королева Лафресия твёрдо намерена довести до Земли весь свой народ. Когда Тесиус уводит от каравана горстку сородичей, королева посылает верную Клео исполнить приговор.

Пытаясь понять, отчего Харлок так яростно им противится, королева Лафресия засылает соглядатая на Землю — и, надавив на командира Кируту, мазоны узнают о Маю. Наконец поверивший пирату Кирута умоляет премьера защитить планету, но тот по-прежнему не видит угрозы. А оскорблённая Харлоком королева решает выкрасть девочку.

Ради спасения Маю Харлок доверяет выбор пути самой «Аркадии», и корабль ведёт команду к Планете людей в туманности Улисса, где укрылись доктор Айн и три десятка беженцев с Земли. Райский уголок манит отдыхом, но небо над ним всё чаще чертят НЛО — а среди поселенцев притаилась мазонка, готовая обратить против людей их же власть над погодой.

Мазоны вновь нападают на заскучавшую было «Аркадию», и Тадаси, надеясь напасть на след Маю, бросается в погоню — но терпит крушение на Радужной планете. Его спасает мирная мазонка, и, поверив, что беглецы искали свободы, юноша сближается с девушкой по имени Кирика. Вот только за её теплом кроется расчёт.

Пока «Аркадия» чинится на Пиратском острове, Тадаси приносит найденные очки, и Харлок узнаёт в них вещь того, кто построил его корабль. Капитан вспоминает молодость: как в баре туманности Улисса свёл дружбу с гениальным Тотиро Оямой и как из-за загадочной красавицы Эмеральды оба угодили в рудники планеты Бад — и что за этим на самом деле стояло.